血液灌流有过度凝血等并发症。由于血液灌流一般采用灌流装置吸附的原理来清除体内的代谢废物，很容易将抗凝剂和肝素吸附在体内，因此肝素被广泛应用于治疗过程中。另外，血液灌流过程中，血流速度较慢，需要一定剂量的抗凝剂来保证血液体外循环。若抗凝剂剂量小，很容易在灌注装置和管道中引起凝血。