合同诈骗属于由公安机关立案管辖的案件，因此应该由犯罪地或者被告居住地的公安机关立案管辖，在公安机关侦查后在交由检察院，检察院认为符合起诉条件的向法院起诉。
【法律依据】
《公安机关办理经济犯罪案件的若干规定》第十三条上级公安机关指定下级公安机关立案侦查的经济犯罪案件，需要逮捕犯罪嫌疑人的，由侦查该案件的公安机关提请同级人民检察院审查批准；需要移送审查起诉的，由侦查该案件的公安机关移送同级人民检察院审查起诉。人民检察院受理公安机关移送审查起诉的经济犯罪案件，认为需要依照刑事诉讼法的规定指定审判管辖的，应当协商同级人民法院办理指定管辖有关事宜。对跨区域性涉众型经济犯罪案件，公安机关指定管辖的，应当事先向同级人民检察院、人民法院通报和协商。
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