如果用人单位为职工办理了医疗保险,职工可以停止缴纳新农合。职工医疗保险申请办理成功以后,以前缴纳新农合的缴费年限不能计算为职工医疗保险的缴费年限,职工医疗保险的累计缴费年限从开始缴纳职工医疗保险之月开始计算。
《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险,由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险,由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。